El 19 de marzo de 2009 se firmó el convenio para creación de la Cátedra Cajamar de Economía y Agroalimentación en la Universidad de Almería. De esta manera, se dio un paso decisivo en la institucionalización de las relaciones entre la Universidad y la Fundación Cajamar, otorgándole un nuevo carácter a una colaboración que se viene produciendo desde la creación de la institución académica en 1993. En 2017 Cajamar y la UAL decidieon un cambio de foco en la Cátedra para que esta siguiera en la punta de lanza de la innovación en el sector agroalimentario. Así, se rebautizó como Cátedra Cajamar de Bioeconomía de la Universidad de Almería.
Además de ofrecer una nueva plataforma para iniciativas ya existentes, en el seno de esta nueva Cátedra se realizan de forma conjunta actividades de formación reglada (como másteres y cursos). En ellas participan el profesorado de los Departamentos de Economía y Empresa, Producción Vegetal e Ingeniería Química de la Universidad, así como el personal investigador de la Fundación.
Sin embargo, uno de los objetivos fundamentales que se persiguen es que en dichas actividades aporten su punto de vista personalidades relevantes del mundo académico y profesional, que presenten una dilatada trayectoria en el ámbito temático en el que se circunscribe la recién creada Cátedra.
Asimismo, una parte importante del presupuesto de la Cátedra Cajamar está destinado a incentivar mediante becas y premios la actividad investigadora y la difusión del conocimiento en el ámbito de la economía agraria, la producción agropecuaria y la economía social.